Správa Národního parku Podyjí se sídlem ve Znojmě byla zřízena 1. 7. 1991 Ministerstvem životního prostředí ČR. Základním úkolem této organizace je zajišťování ochrany přírody a krajiny na území Národního parku Podyjí a jeho ochranného pásma. Vykonává státní správu také v úsecích ochrany zemědělského půdního fondu, rybářství a myslivosti, včetně hospodaření na státním majetku. Do její kompetence spadají odborné aktivity spojené s ochranou přírody, koordinace výzkumu a monitoringu, ochranářský management, odborná dokumentace, inspekční a dozorová činnost i metodická pomoc a naplňování dotační politiky resortu životního prostředí. Zabezpečuje také informační, osvětovou a výchovnou činnost, podporu v oblasti veřejných vztahů, provozování návštěvnických středisek, komunikaci s veřejností a management návštěvnosti na svěřeném území. Za účelem zajištění prioritního cíle, kterým je ochrana přírody a krajiny v předmětném území Národního parku Podyjí a jeho ochranného pásma, jakož i pohody návštěvníků, stanovuje podmínky a limity návštěvnosti včetně odůvodněných regulačních opatření.