Ústav pro studium totalitních režimů (ÚSTR) od svého vzniku v roce 2008 vědecky zkoumá dvě nesvobodná období našich novodobých dějin: dobu nacistické okupace 1939–45 a dobu komunistické nadvlády 1948–1989, samozřejmě s přesahujícími roky. Zaměřuje se na protidemokratickou činnost bezpečnostních složek státu, ale také analyzuje okolnosti, za kterých může z demokratických podmínek vyrůst autoritativní režim. Vychází z předpokladu, že s lepším poznáním principů, na kterých bylo postaveno ovládání společnosti v minulosti, budeme schopni lépe se bránit současným i budoucím hrozbám omezování lidských práv.

ÚSTR má zároveň velmi bohatou vydavatelskou činnost a na rozdíl od ostatních vědeckých institucí se intenzivně věnuje také popularizaci a vzdělávání. Spolupracuje s mnoha českými a zahraničními školami a velkou měrou přispívá k modernizaci výuky dějepisu.

Partnerskou organizací ÚSTR, sdruženou v téže rozpočtové kapitole, je Archiv bezpečnostních složek (ABS). Ten spravuje veškeré písemnosti všech bezpečnostních složek z doby nacismu i komunismu, tedy nejenom Státní bezpečnosti, ale i Veřejné bezpečnosti, civilní a vojenské rozvědky a podobně. Ty jsou v souladu s archivním zákonem každému přístupné.